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Windows

ファイルの転送をする時はFTPが一般的ですが、平文でデータが流れる(ログイン情報も筒抜け)のであまり利用はお勧めできません。

最近のLinuxやFreeBSD、SolarisなどではSSHが利用可能であり、SSHが利用できればSCPとSFTPも利用可能です。SCPやSFTPはファイル転送が出来るコマンドですが、暗号化されて実行されるのが売り。コマンドで実行もできますが、WindowsからであればWinSCPを使えばコマンドを使わずに利用できます。